Le bâtiment qui abrite le musée, ainsi que l’auditorium Forum Evolution et le CENIEH (Centre national de recherche sur l’évolution humaine) sont l’œuvre de Juan Navarro Baldeweg. Cet architecte jouit d’une grande reconnaissance et a reçu le prix national d’architecture en 2014.
Ce musée abrite les découvertes des sites d’Atapuerca ainsi que les disciplines et théories scientifiques qui en sont extraites.
Depuis 1978 et jusqu’à aujourd’hui, des fouilles ont été menées dans le massif karstique de la Sierra de Atapuerca. Les fossiles découverts sur le site fournissent une foule d’informations sur l’évolution des différents groupes humains en Europe depuis plus d’un million d’années. En outre, à Atapuerca, il existe des preuves directes de la présence de cinq espèces différentes : Homo sp. (À déterminer,1 400 000 ans), Homo antecessor (850 000 ans), Homo
heidelbergensis (500 000 ans), ainsi que Homo neanderthalensis (50 000 ans) et Homo sapiens.