Le bâtiment qui abrite le Musée, ainsi que l’Auditorium-Forum Évolution et le CENIEH (Centre National de Recherche sur l’Évolution Humaine) sont l’œuvre de Juan Navarro Baldeweg, un architecte qui jouit d’une grande reconnaissance et qui a reçu le Prix National d’Architecture de 2014.
Ce musée accueille non seulement les découvertes des sites d’Atapuerca, mais aussi les disciplines scientifiques impliquées et les interprétations et théories scientifiques qui en sont extraites.
Les sites de la Sierra de Atapuerca ont été déclarés site du patrimoine mondial par l’Unesco en 2000. Le musée a été intégré dans la déclaration des sites d’Atapuerca comme site du patrimoine mondial en 2015, lorsqu’ils ont été classés par l’UNESCO comme « lieu de valeur universelle exceptionnelle » et ils ont ajouté des infrastructures de recherche et de divulgation.
